从色谱原理上分类，离子色谱是液相色谱的一种，但由于离子色谱与普通液相色谱在结构和分析对象上有一些差异，一般作为均独立的一个色谱大类。离子色谱与液相色谱的差别主要从两个方面看，即仪器结构和应用范围。
（1）在仪器结构方面离子色谱和液相色谱均有溶剂输送系统、进样系统、检测系统和信号记录和处理系统，但由于离子色谱和液相色谱所用的流动相不同，检测方式不同及信号处理的要求不同，在各部件上有一些差别。具体如下
A、离子色谱一般采用酸、碱及盐的水溶液作为流动相，因此通常离子色谱采用非金属材料作为整个系统材料，一般采用Peek塑料作为泵体、流路和阀体等要求耐高压的部分，而聚四氟乙烯材料作为检测器，外接管路等，要求系统可以耐酸、耐碱，但一般情况下全塑的材料由于加工和强度方面的差异，耐压强度和精度上比金属材料要略低一些。而液相色谱由于一般采用有机溶剂作淋洗液，因此多数还是采用金属泵体，可以耐任何类型的有机溶剂，但对于酸或碱的溶剂，使用易产生腐蚀现象。而随着液相色谱在生物领域的广泛应用，金属对一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面应用液相色谱也广泛采用了Peek材料作为泵体、流路和阀，使离子色谱和液相色谱具有了一定的通用性。
B、前述已经提到离子色谱又分为抑制型和非抑制型，而目前被广泛应用抑制型离子色谱，采用了抑制器，而普通液相色谱没有类似装置。抑制器的结构上与液相色谱的柱后衍生系统相似，但是抑制型离子色谱必备组件之一。非抑制型离子色谱不用抑制器，与液相色谱十分相似，一些非抑制型离子色谱基本上就是采用液相色谱的泵、流路和进样阀。
C、离子色谱与液相色谱另一差异就是检测器，一般情况下液相色谱采用紫外-可见光度检测器；而离子色谱较通用的是电导检测器。
（2）离子色谱与液相色谱另一差异在于分析对象，液相色谱作为分析仪器中较广泛使用的一类仪器，在许多领域中被广泛应用，但一般情况下，采用液相色谱时，要求被测物具有一定光度吸收，因此液相色谱一般可以用于有机化合物的分析。而离子色谱主要利用离子在水溶液中电离产生电导的特点，因此离子色谱主要用于无机离子的分析。当然，离子色谱和液相色谱的应用并不是的，目前离子色谱已经广泛用于有机化合物的分析，而液相色谱也可以解决 无机离子的分析，两种具有互补性。有 液相色谱无法解决分析难题，可以尝试用离子色谱的方法解决。
差异的一个方面：
D色谱柱的差异。离子色谱由于淋洗液的关系，其色谱柱一般都为聚合物柱，以苯乙烯和二乙烯苯色谱柱为主，较高柱效约为30000，而常规的液相色谱柱，较常用的是硅胶基质的色谱柱，以反相为主，柱效一般在60000以上。
E气路
离子色谱由于不同厂家的设计不一样，有的仪器部分靠气动，并用气保护淋洗液稳定（NaOH体系），用气量不大；而液相色谱中，只有ELSD和MS检测器用到气源，而且用气量很大。
F流动相（淋洗液）
离子色谱一般采用强酸和强碱的水体系，pH可在0－14，并添加一些反相的有机溶剂，也用一些无机盐类。而液相色谱多以有机相为主，pH大多在2－8.5之间，有机试剂种类多，流动相添加剂使用较灵活。
差异的第二方面：
从目前来看，液相色谱使用范围和对象比离子色谱大的多，有机的非极性、极性及离子化合物都可以。而离子色谱目前主要用于无机离子的分析，及少量有机离子化合物的分析。随着离子色谱技术的发展，二者分离对象的差异会缩小，离子色谱会发挥其应有的作用。
